Cousin d'Hinata et contrairement à elle, Neji est issu de la lignée secondaire (Bunke) des Hyûga. Considéré comme l'un des meilleurs Genins de sa génération, Neji est un véritable génie, comparable à Sasuke, et n'a absolument rien à envier aux Hyûga issus de la Sôke, la branche noble de cette famille. Comme tout membre de son clan, il a hérité du Byakugan et maîtrise le Juken, mais comme tous les membres de la Bunke, il est marqué du sceau de l'oiseau en cage (symbolisé par un swastika dans le manga et par une simple crois dans l'animé). Cette marque particulière placée sur son front montre de façon irrémédiable son appartenance à la branche inférieure des Hyûga dont le rôle est la protection des membres de la Sôke. Ayant perdu son père très jeune à cause des règles qui régissent sa famille, il gardera au fond de lui une profonde ranc½ur envers les membres de la Sôke. Fataliste, Neji considère que le destin d'une personne est décidé à sa naissance et qu'il ne sert à rien de lutter contre sa destinée : un raté sera toujours un raté et un membre de la Bunke ne sera jamais considéré autrement que comme un membre de la famille secondaire. Ce n'est qu'après son combat contre Naruto lors de l'examen Chunin qu'il changera progressivement d'avis. C'est aussi après ce combat qu'Hisashi, son oncle et membre de la Sôke, lui révèle la vérité sur la mort de son père et prend en charge son entraînement. C'est la première fois qu'un membre de la Soke entraîne un membre de la Bunke. Dans la deuxième partie du manga, Neiji obtient le grade de juunin et semble maitrise son byakugan de mieux en mieux
